В г. Нефтеюганске за 8 месяцев 2006 года число заразившихся ВИЧ-инфекцией возросло на 80%, по сравнению с аналогичным периодом 2005 года. На 1 сентября 2006 года в городе зарегистрировано 1 523 случая заражения ВИЧ-инфекцией. В последние годы проявился новый - вертикальный - путь заражения: ребенка от матери.
В 2006 году родилось 29 детей от ВИЧ-инфицированных матерей. Также в 2006 году зафиксировано несколько случаев перенесения инфекции бытовым путем: родственников от больного (через кровь), чего прежде не случалось. Ежегодно на ВИЧ-инфекцию обследуются от 35 до 39 тыс. человек, что составляет 20-25% населения города и района.